地球人の少年・奈雲は幼少期に地球から立ち去ろうとしたメガロス達と一緒に地球を出て数年後、正式にメガロスの一員になった奈雲は相棒のソニックエースとチームの教官・オルティオスと仲間のランビュと共に新兵の訓練中に事件が起こり収容されていたヴィラノス達が逃げヴィラノス捕獲の為、宇宙に旅立つのだった。